Op 5 november 1903 werd door Pater Philibert, Franciskaan, een vrouwenkoor opgericht. Twee jaar later, in 1905, ontstond het mannenkoor. Want vrouwen en mannen mochten niet samen zingen! Daarom werd ook tijdens de kerkdiensten een onderscheid gemaakt: de mannen mochten de hoogmissen zingen, de vrouwen het lof. Later, in 1922, toen uiteindelijk de twee koren wel samen mochten zingen, werd wel 1905 als stichtingsdatum weerhouden. Zo werd het Franciscuskoor het eerste "zanggezelschap" in het land waarin mannen én vrouwen samen mochten zingen, dik tegen de zin van het bisdom.

Tijdens de oorlogsjaren werd in de mate van het mogelijke doorgewerkt. De activiteiten werden tot een minimum herleid met herhalingen van oude programma’s. Desondanks groeide het koor gestaag en eind de jaren 1940 bereikte het met 80 leden zijn grootste omvang tot nu toe.

Vanaf de jaren 1950 werd het repertoire uitgebreid met verschillende shows, opera’s en operettes. In 1988 werd zelfs meegespeeld in de film ‘Hongkong’ met Leo Martin en Gaston Berghmans op het vliegveld van Melsbroek.

Verschillende dirigenten namen in de loop der jaren het koor onder hun vleugels. Meer dan 60 jaar lang stond pianist-organist Albert Laureys als een vaste waarde aan hun zijde voor de muzikale begeleiding.

Het koor werd door Herman Engels, toenmalige dirigent, genomineerd voor de Herentalse Cultuurprijs van 2010. De prijs werd toegekend aan het Sint-Franciscuscoor. In januari 2011 werd de cultuurprijs uitgereikt. Het beeldje toont een persoon die de grote letter C van cultuur torst. 

Al kan een vereniging bij zijn 50-jarig bestaan de titel van "Koninklijk" aanvragen, het koor was te bescheiden om dit te doen. Pas in 2010 werd de procedure gestart en in januari 2011 werd door het Paleis te Brussel de machtiging gegeven dat het Sint-Franciscuskoor de titel 'koninklijk' mag dragen met kroon. De uitreiking van deze titel gebeurde op 6 juni 2011 door gouverneur Kathy Berckx in het Provinciehuis in Antwerpen.